Trải qua 43 năm công tác, trưởng thành từ người lính biệt động trong chiến tranh chống Mỹ, rồi trở thành Sỹ quan, cán bộ khoa học trải qua nhiều cương vị công tác khác nhau - TS. Trần Duy Khanh đã được Đảng, Nhà nước tặng Huân chương kháng chiến chống Mỹ cứu nước hạng Ba, Huy chương chiến sỹ Vẻ vang, Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam, UBND tỉnh Thái Bình.